Matthias Böhlert ukończył studia w Evangelische Hochschule für Kirchenmusik w Halle (organy A. Reuther, dyrygentura H. Gleim i T. Cantor G. Ch. Biller). W tym czasie współpracował z Stadtsingechor Halle (najstarszy chór chłopięcy w Niemczech) oraz był organistą kościoła miejskiego Unser lieben Frauen w Halle.
Od 1984 roku Böhlert pełni funkcję kantora luterańskiej Parafii św. Katarzyny w Salzwedel, a w roku 2004 otrzymał tytuł Kirchenmusikdirektor.
Jako solista występował w Austrii, Liechtensteinie, Rosji, Japonii, Australii, Południowej Afryce, Namibii, Argentynie, Kanadzie, USA oraz w wielu miastach Niemiec.
Jest dyrygentem zespołu Kantorei Salzwedel, z którym wykonał wiele dzieł baroku, klasycyzmu, a także kompozycji współczesnych. Ponadto prowadzi chór dziecięcy, młodzieżowy oraz parafialny (Gemeindechor St. Katharinen) w Salzwedel.
M. Böhlert jest autorem kompozycji organowych i fortepianowych, pieśni oraz utworów chóralnych.