Wolgang Zerer pierwsze lekcje gry pobierał u katedralnego organisty Walthera Schustera w rodzinnym Passau. Ukończył wiedeński Universität für Musik und darstellende Kunst w klasie organów (Michael Radulescu), dyrygentury (Karl Österreicher), klawesynu (Gordon Murray) oraz muzyki kościelnej. Przez dwa lata studiował klawesyn pod kierunkiem Tona Koopmana w Amsterdamie, następnie muzykę kościelną w Stuttgarcie (organy Ludger Lohmann).
Artysta jest laureatem kilku konkursów organowych, m.in. pierwszych nagród w Brugii (1982 rok) oraz w Innsbruku (1983 rok).
Od 1989 roku Zerer jest profesorem organów w Hochschule für Musik und Theater w Hamburgu oraz Prins Claus Conservatorium w Groningen (Holandia) i Schola Cantorum w Bazylei (Szwajcaria).
Wolfgang Zerer koncertował w niemal wszystkich krajach Europy, Izraelu, Ameryce, Japonii, Korei oraz w Chinach.